Flatfish untuk kepentingan komersial tumbuh untuk
akuakultur di Eropa Selatan. Penggunaan teknologi genomik pada ikan
juga penting untuk meningkatkan akuakultur penelitian untuk produksi
massal spesies target, yang mungkin memiliki dampak besar pada
kesejahteraan manusia,
sejak ikan merupakan sumber makanan utama bagi manusia. Studi-studi
ini mungkin sangat berguna dalam memberikan dasar fisiologis dan
genetik untuk penanda-assisted selection strain dengan pertumbuhan
ditingkatkan atau ketahanan terhadap penyakit, atau untuk
mengidentifikasi gen kunci dan jaringan genetik yang terlibat dalam
produksi gamet layak. Flatfish, anggota Pleuronectiformes,
kelompok yang relatif besar dengan sekitar 570 teleosts spesies yang
tersisa. Mereka bentik dan karnivora, dan sebagian besar spesies
laut. Ikan ini mengalami proses pembangunan yang unik, yang dikenal
sebagai metamorfosis, selama salah satu mata berpindah di bagian atas
tengkorak untuk berbaring berdekatan dengan mata lainnya di sisi yang
berlawanan, sementara tubuh rata dan terletak di sisi tanpa mata.
Flatfish telah lama menjadi makanan pilihan, dengan banyak anggota
kelompok (misalnya, ikan pecak, menggelepar, tunggal, turbot, plaice)
yang penting bagi perikanan komersial.
Laporan pembentukan database EST
untuk Senegal tunggal yang berisi urutan cDNA 5.208, dan pembangunan
dan validasi dari oligo-berbasis microarray untuk mendeteksi 5.087
transkrip diduga dari spesies ini. Selain itu, sebuah platform
bioinformatic disebut interaktif. Soleamold, dikembangkan untuk
mengakomodasi database EST dan hasil dari microarray dan dalam
percobaan hibridisasi in situ (ISH).
Saat ini, platform ini hanya berisi data perkembangan gonad Senegal
tunggal tetapi dapat diperpanjang di masa depan dengan data dari
jaringan lain dan organ, serta dari flatfish lainnya, untuk menjadi
alat yang ampuh untuk penelitian genom flatfish.
Setelah pemangkasan dan vektor dan penghapusan
kontaminan, 10.185
berkualitas tinggi urutan diperoleh dengan panjang membaca rata-rata
sekitar 600-700 bp, dengan mayoritas menjadi 700 bp. Urutan ini telah
diserahkan keGenBank (aksesi nomor: FF281814-FF291996). Analisis
Clustering menghasilkan 5.208 urutan yang unik, menunjukkan faktor
redundansi 1,9. Hal ini sebanding dengan yang diperoleh positif di
lain perpustakaan cDNA dinormalisasi tersedia dalam database UniGene
dimana sedikitnya 5.000 klon diurutkan dari perpustakaan dibuat dari
campuran jaringan yang berbeda. Kelimpahan tinggi transkrip
pengkodean protein sitoskeletal, creatine kinase 1, protein ribosom
dan faktor elongasi mungkin konsekuensi dari pengayaan asal cDNA
larva di perpustakaan campuran (30%) karena ada reorganisasi kompleks
jaringans omatik pada larva tunggal pada metamorfosis dan
pasca-metamorfosis. Program BLAST2GO menggunakan BLAST untuk
menemukan homolog urutan untuk urutan input dan ekstrak gen ontologi
(GO) istilah untuk setiap memukul menggunakan penjelasan yang ada.
Istilah-istilah GO
urutan query untuk memberikan penilaian dari proses biologis, fungsi
molekuler dan seluler kompartemen diwakili. Dikembangkan
microarray oligonukleotida untuk studi tentang ekspresi gen S.
Senegalensis diberi reproduktifitas yang lebih besar dari data yang
dikumpulkan dengan oligonukleotida sebagai lawan cDNA microarray
terlihat. DNA microarray dapat digunakan untuk investigasi lebih
lanjut dari fisiologis dan ekologis regulasi transkripsi relevan
dalam Solea senegalensis. Akhirnya, atlas morphoanatomical Soleamold
interaktif ekspresi gen dapat membantu dalam identifikasi gen penting
dan jalur regulasi yang terlibat dalam proses fisiologis yang berbeda
diflatfish, dengan demikian, mungkin menjadi alat penelitian yang
kuat untuk kedua akademisi dan industri.
0 komentar:
Posting Komentar