soal
lembar jawaban
1
a
b
c
d
2
a
b
c
d
3
a
b
c
d

Genomik yang sumber daya untuk ikan datar (flatfish) komersial, satu-satunya Senegal (Solea senegalensis): EST mengurutkan, oligomicroarray desain, dan pengembangan pada platform bioinformatic Soleamold

Flatfish untuk kepentingan komersial tumbuh untuk akuakultur di Eropa Selatan. Penggunaan teknologi genomik pada ikan juga penting untuk meningkatkan akuakultur penelitian untuk produksi massal spesies target, yang mungkin memiliki dampak besar pada kesejahteraan manusia, sejak ikan merupakan sumber makanan utama bagi manusia. Studi-studi ini mungkin sangat berguna dalam memberikan dasar fisiologis dan genetik untuk penanda-assisted selection strain dengan pertumbuhan ditingkatkan atau ketahanan terhadap penyakit, atau untuk mengidentifikasi gen kunci dan jaringan genetik yang terlibat dalam produksi gamet layak. Flatfish, anggota Pleuronectiformes, kelompok yang relatif besar dengan sekitar 570 teleosts spesies yang tersisa. Mereka bentik dan karnivora, dan sebagian besar spesies laut. Ikan ini mengalami proses pembangunan yang unik, yang dikenal sebagai metamorfosis, selama salah satu mata berpindah di bagian atas tengkorak untuk berbaring berdekatan dengan mata lainnya di sisi yang berlawanan, sementara tubuh rata dan terletak di sisi tanpa mata. Flatfish telah lama menjadi makanan pilihan, dengan banyak anggota kelompok (misalnya, ikan pecak, menggelepar, tunggal, turbot, plaice) yang penting bagi perikanan komersial. Laporan pembentukan database EST untuk Senegal tunggal yang berisi urutan cDNA 5.208, dan pembangunan dan validasi dari oligo-berbasis microarray untuk mendeteksi 5.087 transkrip diduga dari spesies ini. Selain itu, sebuah platform bioinformatic disebut interaktif. Soleamold, dikembangkan untuk mengakomodasi database EST dan hasil dari microarray dan dalam percobaan hibridisasi in situ (ISH). Saat ini, platform ini hanya berisi data perkembangan gonad Senegal tunggal tetapi dapat diperpanjang di masa depan dengan data dari jaringan lain dan organ, serta dari flatfish lainnya, untuk menjadi alat yang ampuh untuk penelitian genom flatfish.

Setelah pemangkasan dan vektor dan penghapusan kontaminan, 10.185 berkualitas tinggi urutan diperoleh dengan panjang membaca rata-rata sekitar 600-700 bp, dengan mayoritas menjadi 700 bp. Urutan ini telah diserahkan keGenBank (aksesi nomor: FF281814-FF291996). Analisis Clustering menghasilkan 5.208 urutan yang unik, menunjukkan faktor redundansi 1,9. Hal ini sebanding dengan yang diperoleh positif di lain perpustakaan cDNA dinormalisasi tersedia dalam database UniGene dimana sedikitnya 5.000 klon diurutkan dari perpustakaan dibuat dari campuran jaringan yang berbeda. Kelimpahan tinggi transkrip pengkodean protein sitoskeletal, creatine kinase 1, protein ribosom dan faktor elongasi mungkin konsekuensi dari pengayaan asal cDNA larva di perpustakaan campuran (30%) karena ada reorganisasi kompleks jaringans omatik pada larva tunggal pada metamorfosis dan pasca-metamorfosis. Program BLAST2GO menggunakan BLAST untuk menemukan homolog urutan untuk urutan input dan ekstrak gen ontologi (GO) istilah untuk setiap memukul menggunakan penjelasan yang ada. Istilah-istilah GO urutan query untuk memberikan penilaian dari proses biologis, fungsi molekuler dan seluler kompartemen diwakili. Dikembangkan microarray oligonukleotida untuk studi tentang ekspresi gen S. Senegalensis diberi reproduktifitas yang lebih besar dari data yang dikumpulkan dengan oligonukleotida sebagai lawan cDNA microarray terlihat. DNA microarray dapat digunakan untuk investigasi lebih lanjut dari fisiologis dan ekologis regulasi transkripsi relevan dalam Solea senegalensis. Akhirnya, atlas morphoanatomical Soleamold interaktif ekspresi gen dapat membantu dalam identifikasi gen penting dan jalur regulasi yang terlibat dalam proses fisiologis yang berbeda diflatfish, dengan demikian, mungkin menjadi alat penelitian yang kuat untuk kedua akademisi dan industri. 

sumber : http://www.springerlink.com/content/374826336670h735/fulltext.pdf

 

Karekteristik Sekuen c DNA Pengkode Gen Anti Virus dari Udang Windu ( Penaeus Monodon )

            What’s do you mind of bio-informatika ? ehmbbb....apa dia ilmu baru? Apa kamu pernah mendengarnya? Asing atau tidakkah ditelinga kalian tentang bio-informatika? Apa yang kamu ketahui tentang bio-informatika jika kalian prnah mendengarnya? Ayoo kita bahas bareng-bareng mengenai bio-informatika,supaya kita dapat belajar dan mengetahui tentang bio-informatika. Benar ataupun tidaknya dapat kita ketahui bersama. Apa hubungan bio-informatika dibidang perikannnnnn....kitaa simak sedikit yukkk pembahasannya dari pertanyaan-pertanyaan yang ada dibenak kitaaaa....:) 

Transgenesis pada ikan merupakan sebuah tekhnik modern yang berpotensi besar dalam menghasilkan organisme yang memiliki karakter lebih baik melalui rekombinan DNA gen target termasuk gen anti virus dalam peningkatan resistensi pada udang. Gen anti virus pada udang windu digunakan untuk mengetahui karakteristik yang diisolasi yaitu PmAV (Penaeus monodon anti viral gene), cara mengetahui menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reaction) kemudian dianalisis menggunakan program Genetyx versi 7 dan BLAST (Basic Local Aligment Search Tool). Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa gen anti virus PmAV berhasil diisolasi dengan c DNA. Anti virus itu terdiri dari 170 asam amino, dimana komposisi AA penyusun gen tersebut tertinggi adalah serin sedangkan yang terkecil adalah prolin dan lisin. Analisis tersebut memperlihatkan keberadaan C-type lectin-like domain (CLLD) indikator utama pengkode gen. Menggunakan metode ini dimanfaatkan untuk pengendalian penyakit pada udang. Gen pengontrol hormon pertumbuhan digunakan untuk transgenik ikan.

sumber : http://www.sidik.litbang.kkp.go.id/index.php/searchkatalog/downloadDatabyId/2019/hal_1-13_andi_parenrengi_udang_windu_IRWAN1.pdf